2000年9月2日

成立延平鄉部落健康營造中心，辦理衛教活動、教導居民健康理念，養成自主自發運動習慣，促進健康生活。

2000年4月29日

東基『候鳥之愛』小兒科安芳蓮醫師獲得「第十屆醫療奉獻獎」。

2000年5月6日

舉行新醫療大樓動土典禮，首先進行舊大樓整建，11月進行地下室開挖。

2000年5月6日

蘇醫師、德護理師、耿教士、龍醫師、安醫師等人獲頒台東縣、市榮譽縣、市民。

2000年7月

為獨居老人送餐，2003年五月底止共為190多位老人送餐。

2000年9月

『台東小兒科之父』龍樂德醫師由越南回到東基繼續為台東小朋友健康把關。

2000年11月

與門諾醫院結束協助關係，但攜手共同為照護東部偏遠醫療而努力。

2001年

開設居家服務訓練課程，結訓者參與關懷老人行列。

2001年9月

耿喜音宣教士服務東基31年65歲退休返回加拿大奉養高齡九十母親。

2001年12月22日

舉辦社區跳蚤市場義賣籌募經費活動並安排獨居老人至大賣場採購年貨。

2002年1月

1月本院承辦達仁鄉IDS計畫，9月再承辦延平鄉IDS計畫。

2002年6月

龍樂德醫師獲頒外交部『外交之友』勳章及原民會『原住民專業一等獎章』。

2002年6月

龍樂德醫師夫婦服務東基22年65歲退休返美，龍師母繼續完成諮商碩士課程。

2002年6月24日

在卑南鄉東興村成立東部第一個社區型老人日托關懷站，協助高齡長輩維護健康、延續生活自理能力，以落實「健康終老」及「原居老化」理念。

2002年9月25日

向台東縣政府申請成立財團法人一粒麥子社會福利慈善事業基金會。

2002年10月1日

與高雄長庚醫院結盟，派遣首位醫師腸胃科邱逸群醫師加入東基醫療服務陣容。

2002年12月31日

本院創院院長譚維義醫師為台東無私奉獻三十三年的故事，深獲社會大眾感動，此故事以「永遠的譚爸爸」為題，收錄於台灣國小四年級課本中。

2002年

舉辦『第一屆寒冬送暖愛心一起走』活動，陪伴獨居老人採買年貨及圍爐。

2003年2月13日

新醫療大樓開始提供門診、24小時急診服務。

2003年3月1日

舉辦與高雄長庚醫院結盟記者會。

2003年11月29日

本院志工隊榮獲92年度台東縣志願服務績效評鑑績優團體！

2004年4月

東基舊門診大樓，在保留歷史外貌下，完成內部的整修工程，再次加入照護台東人行列。本院「舊門診大樓」和「新醫療大樓」正式命名為「慈愛樓」和「恩典樓」。

「慈愛樓」，緣於該大樓是創院院長譚維義醫師以慈愛之心向國外募款，胼手胝足興建而成。

「恩典樓」，緣於該大樓是匯集眾人之力、點滴捐款之資興建而成，上帝的恩典滿溢在其中。

2004年11月20日

本院志工隊獲93年度台東縣衛生保健類志願服務評鑑優等！

2004年10月30日

本院延平鄉部落健康營造中心專員李明福獲頒東區93年度最佳部落健康營造推動人員。

2004年5月1日

譚維義創院院長及12位宣教士們，各自遠從各國返台參加「東基40週年院慶暨醫療大樓啟用感恩禮拜」、「百年思索---醫療傳道的變與不變」論壇、「愛在東基－詩歌、見證、感恩音樂會」、「涓滴成河、慈愛湧流」陶板手印鐫刻活動…等「東基40愛在山巔海涯間」系列活動。

2004年5月28日

李性腎友在本院跨科整合醫護團隊的全心照護下，順利產下一子，母子均安。祈求上帝保守一家人，平安喜樂！

2004年7月26日

一粒麥子基金會「希望閱讀行動書車」深入北里、利吉、多良等山區部落，進行為期2週的陪伴孩童閱讀事工，跨出基金會兒童的關懷事工的第一步。

2004年11月21日

本院獲台東縣政府表揚為93年度推行身心障礙者就業服務有功單位。

2005年10月22日

台東名陶藝家李永明先生匯聚眾人對東基之愛而創作的手印鐫刻「涓滴成河、慈愛湧流」陶板紀念牆正式引水啟用。這件作品以火與土的藝術，融入東基愛的故事，展現永恆的愛與美。

2005年1月11-18日

2004年12月16日南亞海嘯災難震驚全世界，東基秉持「以基督的心為心」精神發起院內員工捐款、準備若干醫療物資，並於2005年1月11～18日派遣醫療隊前往印尼亞齊省美倫進行義診，深盼為當地盡一份心力。

2005年3月13日

呂信雄院長於美國芝加哥榮獲「美國醫務管理學院院士」肯定，這是許久以來榮獲此殊榮的第二位台灣人。

2005年3月

一粒麥子基金會前往台東縣東海國中及寶桑國中推動「得勝者」課程，與青年面對面的接觸，分享生命的美麗，鼓勵孩子們喜樂生活、積極人生。

2005年4月

一粒麥子基金會花蓮服務中心成立。

應花蓮縣政府之邀，秉持著「哪裡有需要，就往哪裡去」的服務精神進駐花蓮，推動「失能老人及身障者居家關懷服務」，在光復鄉為新成立的花蓮服務中心。

2005年4月

一粒麥子基金會為愛越過太平洋，前往綠島，為離島需要的住民提供居家服務與居老人送餐的關懷服務。

2005年5月

天下文化出版社感動發行《一粒麥子落在後山～台東基督教醫院的故事》一書。

2006年5月6日

本院推動家庭暴力及性侵害防治績效卓越，獲政府肯定。

2005年8月

為推動兒童閱讀，一粒麥子基金會前往台東縣卑南鄉賓朗國小說故事，展開深耕式的兒童閱讀服務。

2005年9月16日

在花蓮縣政府、光復鄉公所、一粒麥子基金會、馬太鞍長老教會的齊心努力下，花蓮縣光復鄉第一個老人日托關懷站正式開站運作。

2005年11月30日

暖和的午後，旅美知名小提琴家胡乃元在原住民會館前，為富岡及富豐老人日托站的長輩們譜出優美的樂曲。